Un informe de la Inspección General de la Armada aseguró -en diciembre del 2016- que había "falencias" en el ARA San Juan. Dichas fallas fueron catalogadas como "gravedad uno", lo que según la propia letra del escrito implicaba que el submarino "corría un riesgo muy alto". A pesar de esto, el ARA San Juan emprendió su última misión y permanece desaparecido desde el 15 de noviembre. Guillermo Luis Lezana -exauditor de la Armada- y su reemplazante Eduardo Alfredo Pérez Bacchi, confirmaron la existencia de dicho informe y aseguraron que fue presentado en tiempo y forma a sus correspondientes autoridades, hasta llegar a la mesa del ministro de Defensa, Oscar Aguad. El titular de la cartera declaró por escrito en la causa que lleva a cabo la jueza Marta Yáñez, pero en ese momento no se había conocido la existencia de dicho informe, por lo cual se prevé que deba ampliar su declaración testimonial.